微波消解儀消解罐的工作溫度不可能超過消化容器材質的使用溫度。因此260℃一般是所有氟塑料消化罐的使用溫度。雖然有些公司的產品可以達到300℃，但不能同時達到很高壓力，300℃下對氟塑料消化容器的使用壽命肯定有影響。石英消化容器的工作溫度可以很高，但受制于其護套或托架等，所以一般也只能達到300℃。通常，絕大部分微波消解在160-220℃即可完成。

  微波消解儀消化罐內的壓力主要決定于樣品有機質含量、酸的蒸氣壓、溫度。樣品有機質含量越高，消化罐內壓力越大。消解用酸或者堿液，微波消解通常使用硝酸、鹽酸、氫氟酸、硫酸和雙氧水等。硫酸揮發性很小，溫度一般均為使用硫酸時才可能達到，但超過210℃后極容易損壞消化罐。有時，微波消解儀針對某些樣品(硅鋁合金)常使用氫氧化鉀或氫氧化鈉溶液消化處理。